水質自動監測站是在河流、湖泊、水庫、飲用水源地、地下水源觀測點、近海水域等流域內建立的現場自動水質監測點/實驗室。用于連續自動監測被測水體的水質變化，客觀記錄水質狀況，及時發現水質異常變化，實現對下游水域的水污染預報，研究水體擴散和自凈規律等），達到掌握入境、入湖（庫）、入海斷面的水質和污染物通量，預防水污染事故，為水環境保護管理部門提供技術服務的目的。

水質自動監測站是由現代儀器分析技術、自動控制技術、計算機應用技術和通訊傳輸網絡組成的在線水質自動監測系統。水質自動監測站能夠自動、連續、準確地監測目標水域的水質及其變化情況，收集各儀器的監測結果和運行狀態，存儲并傳輸至中央控制室，中央控制室可隨時調用各水質自動監測站的監測數據和儀表狀態信號，對監測數據進行統計處理，存入數據庫，并以各種報表形式打印輸出。